照常進(jìn)行修業(yè)之旅的小智（松本梨香 配音）、小剛（上田祐司 配音）、小霞（飯塚雅弓 配音）一行輾轉來(lái)到水之都奧多馬雷參加緊張刺激的水上競賽。奧多馬雷流傳著(zhù)一個(gè)精彩的傳說(shuō)，在很久很久以前，島上的老夫婦撿到一對孤兒兄妹，當邪魔出現時(shí)，兩兄妹化作威力強大的神奇寶貝拉帝歐斯和拉帝亞斯，他們擊敗邪魔，并賜予奧多馬雷人民名為“心靈水滴”的寶石作為守護。時(shí)至今日，神圣的心靈之滴卻引起一對盜賊姐妹（釋由美子 配音）的垂涎。她們在追蹤妹妹拉帝亞斯（折笠富美子 配音）時(shí)遭遇小智并受挫，貪欲將帶給水都史無(wú)前例的災難……本片為神奇寶貝系列第五部電影劇場(chǎng)版。
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