在第二次新吉恩戰爭、別名“夏亞的叛亂”終結后，地球圈取得了短暫的和平。
這之后3年，宇宙世紀0096年。在工業(yè)殖民地“工業(yè)7號”上進(jìn)行了一項秘密交涉。內容為－－被認為是地球聯(lián)邦政府暗中操控的“比斯特財團”將把最高機密“拉普拉斯之箱”交給新吉恩的殘黨軍“袖付”。
另一方面，在安納海姆工業(yè)專(zhuān)門(mén)學(xué)校就讀的少年巴納吉·林克斯遇見(jiàn)了自稱(chēng)為奧黛麗·本的少女（實(shí)為舊吉恩公國次男多茲魯·扎比之女，美耐巴·扎比）奧黛麗為了制止新的戰爭爆發(fā)，必須組織“拉普拉斯之箱”的交易。巴納吉在數次幫助奧黛麗之后，逐漸被她所吸引。
隨后，地球聯(lián)邦察覺(jué)了這起交易，并進(jìn)行軍事介入，工業(yè)殖民地隨即化為一片火海。巴納吉和同伴一邊避難一邊尋找著(zhù)奧黛麗，而出現在他面前的是比斯特財團的當家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯將出生的秘密告訴了巴納吉，并且將箱之鑰匙－－“機動(dòng)戰士高達獨角獸”托付給他。
隨后，一場(chǎng)圍繞“拉普拉斯之箱”的戰爭開(kāi)始了……
日韓動(dòng)漫