《仁醫2》完結篇延續前篇劇情，歷史依舊向著(zhù)既定方向有條不紊的前行，更多耳熟能詳的歷史角色悉數登場(chǎng)。南方仁（大澤隆夫 飾）以大夫的身份在江戶(hù)時(shí)代生存了下來(lái)，所開(kāi)設的醫館仁友堂亦步入正軌。一天他得知橘咲（綾瀨遙 飾）的母親患了當時(shí)普遍的腳氣病，由此決意制作并普及可治愈該病的點(diǎn)心。與此同時(shí)，坂本龍馬（內野圣陽(yáng) 飾）出現在仁面前請求幫助。仁隨龍馬來(lái)到京都救治勝海舟的師父佐久間象山，竟從蘇醒的后者口中得知了驚人的往事……禁門(mén)之變后京都滿(mǎn)目瘡痍，原本留下救人的仁被新撰組帶至薩摩藩救治西鄉隆盛。此后，坂本龍馬牽線(xiàn)西鄉隆盛與長(cháng)州藩，促成薩長(cháng)同盟。
親歷著(zhù)幕末日本局勢的陡然巨變，仁對自己之于這個(gè)時(shí)代意義有了嶄新的認識。在不遠的未來(lái)，他將重新邂逅尋找新生活的野風(fēng)（中谷美紀 飾），前篇中圍繞在他們周身的謎團亦將逐一得到解答。
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