1962年，正值臺灣白色恐怖時(shí)期，當時(shí)中國國民黨領(lǐng)導的蔣中正政府以防止共產(chǎn)主義滲透等理由頒布臺灣省戒嚴令，路上舉目皆是反共標語(yǔ)，國民黨政府亦鼓勵人民告密檢舉匪諜，并嚴禁私自結黨。同時(shí)為了管制言論思想，中華民國政府將許多書(shū)籍列為禁書(shū)，禁書(shū)類(lèi)別甚廣且認定標準不一，例如諾貝爾文學(xué)獎得主詩(shī)人泰戈爾的《飄鳥(niǎo)集》[注 1]即是其一。但在這樣的高壓環(huán)境下，仍有許多人在臺灣各個(gè)角落暗中舉辦讀書(shū)會(huì )，追尋自由。

臺風(fēng)夜，翠華中學(xué)三年級的方芮欣在昏暗的教室醒來(lái)，在尋找張明暉老師的途中遇到了二年級的學(xué)弟魏仲廷，兩人走到校門(mén)口卻發(fā)現溪水暴漲，于是回到校園中繼續找尋張老師。但學(xué)校渺無(wú)人跡，校舍中貼滿(mǎn)了臺灣省政府查封的封條與臺灣喪葬的示喪紙“忌中”。他們發(fā)現事件并不單純，并逐漸想起過(guò)去所發(fā)生的悲劇。

翠華中學(xué)美術(shù)老師兼任輔導教師張明暉在校內儲藏室創(chuàng )辦了讀書(shū)會(huì )閱讀禁書(shū)、成員包括音樂(lè )老師殷翠涵、學(xué)生魏仲廷等人。另一方面方芮欣因為家庭失和使學(xué)業(yè)成績(jì)受到影響，殷翠涵便引介她給張明暉，希望張明暉能輔導方芮欣走出低潮，孰料在密切的心理輔導之下，方芮欣與張明暉意外產(chǎn)生了師生戀，張明暉并親手做了一條白鹿項鏈贈與方芮欣。

一日早晨，方芮欣的母親李妙子懷疑丈夫方道勤有外遇，卻遭到方道勤家暴，情緒失控的李妙子不斷念佛，并向菩薩許下希望方道勤消失的愿望。方芮欣到校后，先前因壓力過(guò)大而在《校史》中的歷任校長(cháng)肖像上涂鴉一事，被負責管理秩序兼任校園思想控制的軍訓教官白國鋒知道，白教官希望方芮欣不要給她即將升官的父親添麻煩，并表明有任何問(wèn)題可以找教官商量。朝會(huì )升旗典禮時(shí)，教師黃又新因涉及“顛覆國家”罪嫌，被中華民國憲兵當眾拘捕，引起騷動(dòng)，也使白教官對校內所有老師展開(kāi)調查。當晚，方芮欣與張明暉兩人在校外幽會(huì )，方芮欣在紙上畫(huà)出琴鍵，教他彈奏《雨夜花》。方芮欣返家后，發(fā)現父親遭憲兵隊逮捕，父親要方芮欣讓母親通知白教官，在他離開(kāi)后，方芮欣才知道父親之所以被捕，正是因為母親的檢舉。

幾日后，殷翠涵注意到張明暉和方芮欣過(guò)從甚密，提醒他應該謹言慎行，以免讓方芮欣陷入危險，不久，張明暉就跟方芮欣提出分手，方芮欣因偷聽(tīng)到殷翠涵與張明暉的對話(huà)，誤以為是殷翠涵對張明暉也有愛(ài)意，想要拆散自己跟張明暉。方芮欣一來(lái)希望白教官救回父親，二更希望“情敵”殷翠涵因閱讀禁書(shū)而遭校方解聘，便利用對自己有好感的魏仲廷，取得讀書(shū)會(huì )的證據并向白國鋒檢舉。白國鋒并未對方芮欣的要求有具體承諾，只說(shuō)：“國家會(huì )感謝你的?！?/p>

臺灣警備總司令部派員到校，包括張明暉在內的所有讀書(shū)會(huì )成員皆被拘捕，有的被處決，有的死于刑求，連借儲藏室鑰匙給讀書(shū)會(huì )的工友也被虐殺。張明暉在臨刑前囑咐魏仲廷要活下去，記住這一切有多得來(lái)不易，因為自由終會(huì )來(lái)臨。之后張明暉被依叛亂罪槍決，魏仲廷聽(tīng)從建議，招供以保住性命；方芮欣則因愧疚難耐，在禮堂舞臺上自縊身亡，以死向枉死孤魂謝罪。開(kāi)頭中的魏仲廷和方芮欣所在的翠華中學(xué)是處于陰間地府似的空間，充滿(mǎn)著(zhù)陰間地府的鬼物；倆人其實(shí)是以靈魂的狀態(tài)困在此空間?；謴陀洃?，發(fā)現事實(shí)真相的方芮欣決定拯救被陰間鬼魂抓捕的魏仲廷，讓他重返陽(yáng)間以讓在陽(yáng)間監獄里垂死的魏仲廷恢復生機。

多年后，魏仲廷因解嚴而赦免出獄，他克服了恐懼，到張明暉的墳上祭掃后“返?！?，到即將拆除的翠華中學(xué)，將張明暉的絕筆信與定情之物白鹿項鏈，交給了方芮欣的靈魂，并向她表示他會(huì )永遠記得方芮欣。