1999 年，為了使人進(jìn)化為“完美的個(gè)體”，由NEO（Next Environment Organization）領(lǐng)導并開(kāi)始實(shí)行BESTMAN計劃，但是結果是失敗了。試驗將尊者ヤクスギ進(jìn)化成了擁有無(wú)限再生能力的カンケル（Cancer）。不僅如此，作為整個(gè)人類(lèi)社會(huì )的敵人，カンケル的目的就是消滅整個(gè)人類(lèi)，但是首先他就必須要消滅一直保護著(zhù)人類(lèi)的共生免疫體——ベターマン（Betterman）。而當時(shí)在場(chǎng)的其他幾位幸存著(zhù)則把カンケル存在的消息以一種蛋白質(zhì)的形式傳播出去，并引起人類(lèi)自毀滅的DNA程式，它所造成的離奇疾病就是アルジャーノン，而這種疾病的目的就是召喚出人類(lèi)的免役體ベターマン。時(shí)間前進(jìn)到2006年，在這期間，NEO直屬機構モーディワープ（Mode Warp）一直致力于アルジャーノン病的研究，在一次游樂(lè )園的大規模殺人事件調查中，原ヘッドダイバー（Head Diver）カクタス因アルジャーノン突然發(fā)作而被失控的游樂(lè )園機器人殺死。關(guān)鍵時(shí)刻，17歲的高中生蒼斧蛍汰在一次不是意外的意外中坐上了覚醒人1號，并打敗了由一團電線(xiàn)構成的機器人豆の木ドラゴン，但是在巨型チカちゃん出現后，覚醒人卻因為リンカージェル（Linker Gel）的使用到達限界而停止了活動(dòng)。就在蛍汰和火乃紀的生命處于最危急的時(shí)刻，ベターマン出現打倒了敵人……事件后蛍汰加入了モーディワープ，駕駛覚醒人調查各種奇怪事件，不時(shí)的遭遇了各種奇怪的不明生物（UMA），機器人和一些超能力者。在逐步的調查中，漸漸的發(fā)現NEO直屬的BPL（Biotechnology Provisions Laboratory），(株)超人同盟甚至モーディワープ本身都是“元兇之力”的一部分，事情的真相也逐漸被揭示了出來(lái)。最后，一場(chǎng)決定所有生命命運的決戰在水與火的原始生命誕生場(chǎng)地展開(kāi)了……（From：機戰世界）