二十世紀初的日本太正時(shí)代，自明治維新以來(lái)的文明開(kāi)化已進(jìn)行了五十余年。隨著(zhù)西洋文化和日本傳統文化的交匯融合，帝都·東京逐漸成為現代化建筑鱗次櫛比，蒸汽鐵道、地下鐵道縱橫交錯，馬車(chē)、人力車(chē)、蒸汽車(chē)川流不息的繁華都市。然而，這也是一座有著(zhù)怪物和咒術(shù)等非現實(shí)存在的魔幻都市。為了對抗從地底出現的強大魔物“降魔”，陸軍成立了由將校中的靈能者組成的特殊部隊——對降魔部隊，成員即“二刀二劍”的4位繼承者：米田一基，持有 “神刀·滅卻”；山崎真之介，持有“光刀·無(wú)形”；藤枝菖蒲，持有“神劍·白羽鳥(niǎo)”；真宮寺一馬，持有“靈劍·荒鷹”。四人僅憑自己的血肉之軀和手中的神劍與魔物作戰，史稱(chēng)“降魔戰爭”。激戰的結果，陷入絕境的對降魔部隊被迫使出最后的手段——利用“魔神器”發(fā)動(dòng)“破邪之血”。魔神器即日本上古時(shí)代流傳下來(lái)的三種祭器：劍、珠、玉，可以成為魔力的增幅器。繼承真宮寺家“破邪之血”的一馬，以自己的生命為代價(jià)用魔神器將降魔們封印，而山崎真之介也在此戰中失蹤……太正十一年，以妖僧天海為首的邪惡組織“黑之巢會(huì )”蠢蠢欲動(dòng)。仇視近代文明的天海為了復辟德川幕府的統治，率領(lǐng)手下的死天王葵叉丹、彌勒、修羅、羅剎，操縱著(zhù)利用古代咒法生出的魔物——魔操機兵在帝都展開(kāi)了破壞活動(dòng)。為了對抗這新的威脅、守護帝都和民眾，在花小路伯爵的大力支持下，新的政府直屬對降魔組織——帝國華擊團（簡(jiǎn)稱(chēng)“帝擊”）·花組成立了。在米田一基、藤枝菖蒲的領(lǐng)導下，花組集結了6名具備高靈力的少女：真宮寺一馬的女兒、靈劍·荒鷹的繼承者真宮寺櫻；神崎財閥總帥忠義的孫女、精通神崎風(fēng)塵流長(cháng)刀術(shù)的神崎堇；俄國革命的勇士、曾有“食火鳥(niǎo)”之稱(chēng)的瑪麗亞·橘；自幼就因超常的靈力被與世隔絕、年僅10歲的法國貴族千金愛(ài)麗絲；在辛亥革命的戰亂中失去親人、精通機械的中國少女李紅蘭；以及桐島流空手的正統傳人、身高近 2米的桐島神奈。同時(shí)，基于山崎真之介留下的設計，由神崎重工完成了對降魔用靈子甲胄“光武”。以銀座大帝國劇場(chǎng)為基地、平日以歌劇團面目出現來(lái)掩人耳目的花組，在魔物出現時(shí)就會(huì )變?yōu)槭刈o帝都的戰士，駕駛光武與敵人作戰。太正十二年春，苦于戰力及協(xié)作性不足的花組來(lái)了一位新隊長(cháng)——海軍少尉大神一郎，《櫻花大戰》的故事也就從這里開(kāi)始了……