4月2日，全新的游戲王動(dòng)畫(huà)始動(dòng)！講述18歲新主角集齊6（原五張）龍卡的全新故事！　 　　武藤游戲的時(shí)代數十年后的童實(shí)野町，演變成了階級社會(huì )的未來(lái)都市——新童實(shí)野市。主人公不動(dòng)游星駕駛著(zhù)決斗盤(pán)的進(jìn)化型D輪摩托以從下層區到上層區為目標奔馳?！?　　以?shī)Z走對自己和朋友很重要的卡星塵龍的為所欲為的競敵·騎乘決斗的冠軍人物杰克·阿特拉斯所在的決斗競技場(chǎng)為目標，終于游星和杰克對峙了。懷著(zhù)各自的堅定信念的他倆的王牌怪獸——星塵龍與真紅魔龍展開(kāi)激烈沖突！在二龍之戰中忽然出現的神秘紅龍，讓游星的手臂浮現出了龍之印。由龍之印所引導的各自的命運在這一刻開(kāi)始了。到底為朋友而戰的游星前面等待著(zhù)他的會(huì )是什么？龍之印所帶來(lái)的到底又是什么呢？ 　　時(shí)代是游戲王GX后的幾十年。 　　決斗盤(pán)進(jìn)化！騎乘決斗大為流行！ 　　在5D'S的時(shí)代，結合了摩托競速與卡片游戲的競技騎乘決斗，以騎乘型最新決斗盤(pán)D輪進(jìn)行的高速感決斗十分流行，讓觀(guān)眾也跟著(zhù)狂熱起來(lái)！新怪獸陸續登場(chǎng)！新動(dòng)畫(huà)當然也是充滿(mǎn)各種決斗場(chǎng)面！ 　　從沒(méi)見(jiàn)過(guò)的怪獸們正極度活躍之中。 　　游戲王5D’S的卡片也有所不同了： 　　新規則中白色同調怪獸卡追加！ 　　這次的新規則中添加了一種名為同調怪獸的白色卡片，能力：放在額外卡組，如果場(chǎng)上的對應協(xié)調怪獸和其他怪獸的等級合計與同步怪獸的等級吻合可以特殊召喚。
　　衛星區篇
　　以武藤游戲所在時(shí)代數十年后的童實(shí)野市為舞臺。那時(shí)的童實(shí)野市被稱(chēng)為“新童實(shí)野市”，是一個(gè)根據身份高低分為上層地帶和下層地帶的階級社會(huì )，流行著(zhù)使用被稱(chēng)為“D輪（D Wheel）”的摩托車(chē)型決斗盤(pán)決斗的“騎乘決斗（Riding Duel）”?！〔粍?dòng)游星在新童實(shí)野市的下層地帶“衛星區（Satellite）”中與同伴們一起生活著(zhù)。因被對手——騎乘決斗的KING“杰克·亞特拉斯”偷走了自己最重要的卡“星塵龍（Stardust Dragon）”，為了把它奪回，游星逃出了衛星區。
　　Duel of Fortune Cup篇
　　再會(huì )后的游星與杰克在Stadium進(jìn)行了騎乘決斗。在白熱化的戰斗展開(kāi)途中，兩人的手臂突然出現了印記，最后伴隨著(zhù)雙方的王牌龍互相攻擊，神秘的紅龍出現了。得知此事的治安維持局長(cháng)官雷克斯，將游星的同伴捉走作為人質(zhì)，強迫他參加優(yōu)勝者可以獲得向KING杰克的挑戰權的“Duel of Fortune Cup”大賽。在這個(gè)大賽里被雷克斯吸引過(guò)來(lái)的游星、超能力決斗者十六夜亞紀、天才決斗少女龍可、還有杰克4人、都覺(jué)醒為“紅龍的龍印者”，最后獲得優(yōu)勝的游星在與杰克的決斗中獲得了勝利，成為了新的決斗王。
　　暗印者篇
　　原來(lái)Fortune Cup是歌得溫為了集合龍印者所舉辦。另一方面，一群名為“暗印者”的決斗者已經(jīng)蠢蠢欲動(dòng)，他們能夠展開(kāi)會(huì )令決斗者受到真實(shí)傷害的“黑暗決斗”，以及使用一種叫“黑暗同步”的新戰法，以及在背后控制他們的“地縛神”。游星以建造連接衛星區和都市區的代達羅斯橋為條件，前往衛星區阻止“暗印者”的計劃。
　　WRGP篇
　　與“暗印者”之戰半年后，連接衛星區和都市區的橋梁終于完成，彼此的界線(xiàn)總算消失。全市還建造了大量專(zhuān)為騎乘決斗而設的高速公路，還開(kāi)發(fā)了高速世界2取代以前的高速世界，世界大賽“WRGP”開(kāi)幕在即，游星等人組成“5D'S隊“參賽。然而，新的威脅已經(jīng)悄悄地來(lái)臨——神秘組織“太一”的三皇帝出現，使用可以吸收同步怪獸的“機皇帝”欲圖毀滅童實(shí)野市，市區上空不時(shí)浮現不祥的黑影。雙方在大賽決戰相遇，這場(chǎng)戰斗的勝負將決定童實(shí)野市的存亡。
　　弧線(xiàn)搖籃篇
　　雖然阿波利亞被打敗，帶來(lái)毀滅的黑影正體”弧線(xiàn)搖籃“還是出現了，童實(shí)野市危在旦夕。而主使這一切的”Z-ONE（忘-我）“也終于浮出水面，來(lái)自被破滅未來(lái)的他要毀滅災禍的肇源童實(shí)野市改變未來(lái)。游星等人不能認同他的做法，登上”弧線(xiàn)搖籃“與”Z-ONE“展開(kāi)最后的決戰。最終，Z-ONE被游星擊敗，弧線(xiàn)搖籃消失，游星拯救了童實(shí)野市，平安歸來(lái)。
　　后日談
　　Z-ONE被打敗數年后游星等人的故事。
　　副注
　　現在看到的故事劇情是在Z-ONE介入改變歷史后的情況。原本的歷史到暗印者就是最終BOSS，沒(méi)有WRGP存在。之后游星與同伴參加各種國際大賽，在不斷的磨煉中領(lǐng)悟“CLEAR MIND”、加速同步、三角加速同步，成為將人類(lèi)領(lǐng)向進(jìn)化新時(shí)代的傳奇人物。但在未來(lái)人類(lèi)因為過(guò)快進(jìn)化濫用同步而惡欲膨漲，招來(lái)毀滅。Z-ONE為改變介入了過(guò)去改變了歷史，故事才有了現在的情況。