《游戲王-怪獸之決斗》改編自漫畫(huà)《游戲王》，于2000-2004年之間在東京電視臺播出。故事以漫畫(huà)劇情為主，但因為中途漫畫(huà)故事情節進(jìn)度跟不上，故加插大量漫畫(huà)沒(méi)有的劇情和人物。此舉為脫離“原作”獨立創(chuàng )作故事奠定下基礎。
　　決斗者王國篇
　　一卷神秘的錄像帶，千年神器中千年眼的擁有者，貝卡斯·J·克羅佛多在錄像帶中使用黑暗決斗向武藤游戲挑戰，但武藤游戲卻因為時(shí)間終止而敗北，武藤雙六的靈魂也因此被千年眼的力量封印在靈魂封印卡中（漫畫(huà)版為貝卡斯寄給游戲的錄像帶），武藤游戲為了救回靈魂被囚禁的爺爺，與伙伴們前往決斗者王國找貝卡斯決斗，與互信的伙伴們以及心中的另一個(gè)自己并肩作戰。
　　戰斗城市前篇
　　決斗者王國一戰結束，武藤游戲的知名度瞬間上升，神秘的埃及石板來(lái)到日本展覽，牽扯出千年神器的秘密、三千年前的戰斗、三張神之卡，還有隱藏在千年積木中的無(wú)名法老王的記憶，海馬瀨人在一個(gè)機緣下得到了神之卡的其中一張：歐貝利斯克的巨神兵，而他為了得到剩余的二張神之卡，在童實(shí)野市舉辦了戰斗城市大賽，并且以賭牌當作規則，同時(shí)新的次世代決斗盤(pán)也跟著(zhù)亮相，而武藤游戲為了尋找心中的另一個(gè)自己的記憶，也就是無(wú)名法老王的記憶，必須搜集三張神之卡，也參加了這場(chǎng)大賽，各路好手為了搜集六張拼圖卡，得到最后的參賽權，紛紛展開(kāi)決斗；神秘的古魯斯集團派出的蕾雅卡獵人也參雜其中。
　　乃亞篇（動(dòng)畫(huà)原創(chuàng )）
　　戰斗飛行船行駛人工島的途中，飛行船系統卻遭受到外來(lái)的入侵改寫(xiě)了系統，因而改變了航線(xiàn)，阻擋在武藤游戲等人面前的這個(gè)巨大機動(dòng)要塞究竟是什么？而又出現了神秘的人，自稱(chēng)是“五巨頭”，他們還要武藤游戲等人的身體，一場(chǎng)賭上各人性命的決斗，而他們又發(fā)現五大老的頭，叫乃亞的小孩，卻是剛三郎（海馬的養父）的兒子??！一場(chǎng)大戰即將展開(kāi)。
　　戰斗城市后篇
　　戰斗城市最終決戰開(kāi)始，每個(gè)決斗者都各自有戰斗的理由，城之內為了成為真正的決斗者、救出被馬利克進(jìn)行黑暗游戲懲罰的孔雀舞，海馬為了與宿敵游戲決斗、為了鏟除可惡的古魯斯首腦并得到太陽(yáng)神、為了完成海馬樂(lè )園的夢(mèng)想，游戲為了實(shí)現與城之內的諾言、與海馬宿命的對決、救出被暗馬利克施予黑暗游戲懲罰的人們、更為了自己遺失的記憶，他向馬利克宣戰。
　　多瑪篇（動(dòng)畫(huà)原創(chuàng )）
　　戰斗城市結束后，武藤游戲遭受到了不知名力量的阻擋，而三張神之卡也被名為多瑪三劍客的人搶走，這個(gè)神秘的多瑪組織搶走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片——“奧利哈剛的結界”擁有的黑暗能量，又會(huì )帶給使用這張卡片的人什么樣的改變；黑魔導女孩從精靈的世界降臨，向武藤游戲請求援助，人類(lèi)世界與精靈世界的命運會(huì )如何，無(wú)名的傳說(shuō)之龍又會(huì )怎么樣的幫助游戲等人。
　　海馬集團大賽篇（動(dòng)畫(huà)原創(chuàng )）
　　多瑪事件結束后，武藤游戲和同伴因沒(méi)錢(qián)回不到日本，無(wú)奈之下請求海馬公司，卻陰差陽(yáng)錯的參加了海馬集團為維護聲譽(yù)的比賽。全世界的決斗者聚集在這，一場(chǎng)別開(kāi)生面的比賽就此展開(kāi)。
　　王之記憶篇
　　為了尋找寄宿在千年積木中無(wú)名法老王靈魂的真實(shí)姓名與記憶，武藤游戲與朋友們踏上了埃及之旅，在記憶石板的背后，解開(kāi)了無(wú)名法老王的過(guò)去記憶，暗貘良也趁此時(shí)蠢蠢欲動(dòng)，利用了千年智慧輪的黑暗力量，在千年積木內進(jìn)行了一場(chǎng)黑暗RPG，這場(chǎng)黑暗RPG游戲中，直接以無(wú)名法老王的記憶當作背景，暗游戲必須從這場(chǎng)黑暗游戲中找回自己的真實(shí)姓名、得知自己的過(guò)去，并且打敗大邪神佐克，再一次封印，否則大邪神佐克也會(huì )在現實(shí)世界中復活。
　　共有224集。